ジェームズ・キャメロン監督が手掛けるSFスペクタクルの第2弾。あれから10年―。人間の体を捨ててナヴィになった元海兵隊のジェイクは、神秘の星パンドラの森で妻のネイティリと家族を築く。優秀な長男ネテヤム、長男に劣等感を抱く次男ロアク、不思議な力を持つ養女キリ、無邪気な末っ子トゥク、そして人間の少年スパイダー。やっと訪れた平和もつかの間、再び地球人の侵略が始まり、ジェイクと家族は遥か彼方にある海の一族のもとに身を潜める。しかし、楽園のように美しい海にも敵の手が迫り、家族や仲間の絆の力が試される新たな戦いが始まる…。