弐瓶勉の人気コミックを原作としたSFアニメの劇場版。100年ぶりに未知の生命体・ガウナが現れ、辛くも勝利を収めた人類。それから10年、宇宙船・シドニアの人々は束の間の平和を楽しんでいたが、艦長の小林は人類の存亡を懸け、最終決戦を決断する。