突然の事故で両親を失い心を閉ざす少女メアリーは、伯父クレイヴン伯爵の屋敷に引き取られる。新しい生活に馴染めないメアリー｡そんなある日、彼女は小さな鍵をみつける｡それは伯爵が、死んだ妻の思い出とともに封印した｢秘密の花園｣の鍵だったのだ｡メアリーは、伯爵の心のように荒れ果ててしまった花園にわずかな緑の息吹を感じ、仲良しのディコンと、病弱ないとこのコリンとともに、大人たちには内緒のままその花園を蘇らせる決心をする。「小公子」「小公女」で有名な作家Ｆ．バーネットの児童文学を、巨匠フランシス・Ｆ・コッポラが見事に映像化。