マイロ・サッチは若き地図製作者であり、才能溢れる言語学者だ。マイロの夢は、太古の昔に海底深くに沈んだと言われる伝説の《アトランティス》を発見すること―それは亡き祖父の夢でもあった。マイロは、謎を解く鍵を握るという伝説の《羊飼いの日誌》を探していたが、考古学会は日誌の存在を信じようとはしない。孤立したマイロの前に、ある日、祖父の知人という大富豪ウィットモアが現れる。ウィットモアは《羊飼いの日誌》をマイロに渡し、自分が出資する《アトランティス》探索チームに彼を加える。マイロだけが解読できるアトランティス語で書かれた日誌を手がかりに、遥かなる海底の旅に出る冒険者たち。しかし、苦難の旅の末に姿を現した《アトランティス》は、探検隊の予想に反して古代の遺跡などではなかった。それは1万年の時を越えてなお生き続ける奇跡の帝国だったのだ。果たして《アトランティス》の生命の源とは？アトランティスの運命を握るプリンセス・キーダ、彼女に隠された秘密とは？そして、探検隊の秘められた目的とは…？